தாவர நுண்ணுயிரிகள் தாவரத்தில் நோயை ஏற்படுத்தும் உயிரினங்கள் மற்றும் சுற்றுச்சூழல் நிலைமைகள், இது நிகழும் வழிமுறைகள், இந்த காரணகர்த்தாக்களுக்கும் தாவரத்திற்கும் இடையிலான தொடர்புகள் (தாவர வளர்ச்சி, மகசூல் மற்றும் தரம் ஆகியவற்றின் விளைவுகள்) என வரையறுக்கப்படுகிறது. தொற்று நோயை ஏற்படுத்தும் உயிரினங்களில் பூஞ்சை, ஓமைசீட்ஸ், பாக்டீரியா, வைரஸ்கள், வைராய்டுகள், வைரஸ் போன்ற உயிரினங்கள், பைட்டோபிளாஸ்மாக்கள், புரோட்டோசோவா, நூற்புழுக்கள் மற்றும் ஒட்டுண்ணி தாவரங்கள் ஆகியவை அடங்கும். தாவர நோயியல் என்பது நோய்க்கிருமிகளை அடையாளம் காணுதல், நோய்க்கான காரணவியல், நோய் சுழற்சிகள், பொருளாதார தாக்கம், தாவர நோய் தொற்றுநோயியல், தாவர நோய் எதிர்ப்பு ஆகியவற்றைப் பற்றிய ஆய்வையும் உள்ளடக்கியது.